公開日 2021年6月28日
A study by second-year PhD student Joshua Vacarizas and his research group that developed a useful tool for characterizing chromosomes in reef-building corals was published in the Nature-based electronic edition of Scientific Reports on May 31, 2021.
Joshua Vacarizas, a Japanese Government (Monbukagakusho) Scholarship student in the Department of Kuroshio-area Integrated Science, is conducting research under the guidance of Visiting Professor Takahiro Taguchi (Kochi Gakuen University) and Professor Satoshi Kubota (Kuroshio Science Program) on the detection of specific DNA sequences in reef-building coral chromosomes using fluorescent in situ hybridization (FISH). The method uses fluorescence in situ hybridization (FISH) to detect specific DNA sequences in the chromosomes of reef-building corals. One drawback of this method is that in many cases the signal is too weak to detect a single gene. Therefore, the research group has succeeded in obtaining clear FISH images showing strong signals by selecting repetitive sequences among many DNA sequences and applying bioinformatics methods. The results of this research are expected to contribute to the future development of research on reef-building corals, which are difficult to discriminate due to the similarity of many chromosome lengths in the nucleus.
黒潮圏総合科学専攻博士課程２年生のJoshua Vacarizasさんらの研究グループによる、造礁性サンゴの染色体の特徴付けに有用なツールを開発した研究成果が、Nature系電子版の「Scientific Reports」に2021年５月31日付で掲載されました。
文部科学省国費留学生として黒潮圏総合科学専攻に在籍中のJoshua Vacarizasさんは、田口尚弘客員教授（高知学園大学教授）と久保田賢教授（黒潮圏総合科学専攻）らの指導の下、蛍光in situハイブリダイゼーション（FISH）法を用いた造礁性サンゴの染色体中の特定のDNA配列の検出に関する学位研究を進めています。この方法は、シグナルが弱すぎて単一の遺伝子を検出できないケースが多いことが欠点として挙げられます。そこで研究グループは、多数のDNA配列の中から繰り返し配列を持つものを選択し、バイオインフォマティクスの手法を適用することで、強いシグナルを示すクリアなFISH像を得ることに成功しました。この研究結果は、今後、核内の多くの染色体長が似通っているため判別困難な造礁性サンゴ研究の発展に寄与することが期待されます。
掲載名：Scientific Reports
論文名：Cytogenetic markers using single-sequence probes reveal chromosomal locations of tandemly repetitive genes in scleractinian coral Acropora pruinosa
著者：J. Vacarizas, T. Taguchi, T. Mezaki, M. Okumura, R. Kawakami, M. Ito and S. Kubota